Stéphane Guéneau travaille depuis 2003 à l'Iddri. Ses travaux couvrent la gouvernance mondiale de la question forestière, les instruments économiques et financiers des politiques forestières tropicales et divers aspects liés aux interactions entre commerce et gestion forestière durable. Il anime, avec l'Agence française de développement, un groupe de réflexion multi-acteurs sur la valorisation économique des forêts tropicales, en vue de l'élaboration d'un Livre blanc de la France sur les forêts tropicales. Stéphane Guéneau a travaillé auparavant, depuis 1989, au sein de l'ONG Solagral où il était responsable d'un programme de travail sur les relations entre commerce et environnement. Il a effectué plusieurs travaux de consultations sur ces questions en Afrique pour le compte de la CNUCED. Il a également travaillé comme expert de la Commission européenne sur les négociations commerciales entre l'Union européenne et le Mercosur. Durant l'année 1999-2000, il a été chercheur visitant au CPDA (Programa de Pós-graduação em Desenvolvimento, Agricultura e Sociedade) de l'Université fédérale rurale de Rio de Janeiro, où il a effectué des recherches sur l'impact de l'internationalisation de la filière bois papier brésilienne sur le développement durable.