L'Iddri a été créé en 2001, pour une durée de deux ans, sous la forme d'un groupement d'intérêt scientifique (GIS) réunissant six ministères et six organismes publics de recherche. Le GIS avait pour mission d'engager les premières actions et mobiliser les entreprises.

• Ministères
  - affaires étrangères (MAE) ;
  - agriculture et pêche (MAP) ;
  - écologie et développement durable (MEDD);
  - économie, finances et industrie (MINEFI);
  - équipement, transports, logement, tourisme et mer (MELT) ;
  - jeunesse, éducation nationale et recherche.
  
• Organismes publics de recherche
  - Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (Ademe),
  - Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad),
  - Centre national de la recherche scientifique (CNRS),
  - Institut français de l'environnement (Ifen).
  - Institut national de la recherche agronomique (Inra),
  - Institut de recherche pour le développement (IRD).

Au GIS a succédé une association loi de 1901 créée pour accueillir des acteurs non publics, notamment des entreprises. Les nouveaux statuts ont été adoptés lors de l'assemblée générale constitutive, le 22 avril 2003.