Pierre-Marie Aubert coordonne l'initiative Politiques publiques pour l'agriculture européenne. Ses activités portent sur les interactions entre développement agricole, sécurité alimentaire et conservation de la biodiversité à trois échelles différentes : nationale, régionale et mondiale.

De formation interdisciplinaire, à l'interface entre les sciences biotechniques (agronomie, foresterie) et la sociologie politique, Pierre-Marie Aubert interroge la durabilité des trajectoires de développement agricole au Nord comme au Sud en combinant quatre perspectives complémentaires : la formulation, la mise en œuvre et l'évaluation des politiques publiques ; la gouvernance des filières agricoles et agro-alimentaires mondiales ; la dynamique des systèmes agraires ; et les outils de la prospective.

En parallèle de ses activités à l'IDDRI, Pierre-Marie enseigne également à Sciences Po Paris, à AgroParisTech et à l'Université de Paris Sud. Il est également membre du Conseil d'Orientation de la Société Française d'Économie Rurale.